По думите на Попов близо 50 лекари в "Пирогов" взимат петцифрени суми на месец. Според синдикалиста в болницата източват НЗОК чрез клиничните пътеки, като подменят диагнозите на пациентите.

Пред БНР обаче завеждащият отделение към детска хирургия в института за спешна помощ д-р Цвятко Георгиев заяви, че в ръководеното от него отделение няма разминаване между заплатите на отделните лекари и другия персонал.

"В България заплащането на специалистите е между 1000 и 2000 лв. Те извършват сложни високотехнологични специализирани оперативни намеси. Сестринският труд е мизерно заплатен, а сложността на неговата работа е сериозна. Създаването на една сестра, която се занимава с новородени и то новородени с проблеми, изисква дълги години практика и опит и устойчивото развитие на тази дейност в България предполага едно достойно заплащане", каза още лекарят.

Председателят на Българската асоциация за закрила на пациентите Пламен Таушанов допълва, че са получени сигнали за източване на средства чрез измами с импланти, като пациентите се насочват към конкретна фирма за закупуване на импланта, срещу което докторите взимат процент от съответната компания.
Друг вариант е при счупвания да бъде поставен имплант, а пациентът да не може да разбере дали наистина се нуждае от него. Сред разказваните примери е как пациент със счупен прешлен се лекува за изцяло счупен гръбнак. Поставя му се пластина на гръбначния стълб с осем болта, което струва около 8000 лева. Самият пациент обаче няма как да разбере дали има нужда от тази операция, тъй като не може да разчете рентгеновата си снимка, а и е в шок. Самата операция обаче е сред най-добре платените от НЗОК.

“Пирогов” в момента гълта за година 40 милиона лева от Здравната каса и още 20 млн. от здравното ведомство. За сравнение ВМА, която има 800 легла, се издържа с 24 млн. лв.”, обясни Пламен Таушанов.
НЗОК е ощетявана и чрез надписване на консумативи, каза още той.

От ръководството на "Пирогов" отказват коментар заради започналата в петък проверка. Тогава министърът на здравеопазването Десислава Атанасова обясни, че НЗОК извършва проверка по отношение на преразхода за лекарствени средства и по клинични пътеки, а Инспекторатът на Министерство на здравеопазването по нейна заповед проверява всички разходи на средства в "Пирогов". 
По думите на Атанасова само за няколко часа инспекторите са установили разминавания по документи относно трудовото законодателство -  трудовите договори, изплащането на хонорари на определени лица, както и разминавания по гражданските договори. В петък е приключила и проверка в МБАЛ "Русе", а  медицинският одит работи по сигнал в болница "Света Марина" във Варна.

"Някой, умишлено или не, е подвел министъра на здравеопазването с неверни твърдения, че по време на внезапната проверка в болница "Пирогов", която беше извършена на 11 май, служители от администрацията са се "разболели", "вдигнали високо кръвно" и др." Това се казва в изявление на представители на консултативния съвет и на синдикални лидери от болницата, изпратено до БТА.

Вътрешна проверка в лечебното заведение е установила, че тези твърдения не отговарят на истината, съобщават от "Пирогов".
"Зад неверни твърдения, свързани с лечебното заведение стоят частни бизнес интереси с цел дестабилизация на болницата и пренасочване на пациенти и дейности към конкурентни структури", се казва още в изявлението.

През март 2010 г. министърът на културата Вежди Рашидов заяви, че в "Пирогов" има лекари с абсурдно високи заплати и се дават много пари за банкети. Но по-късно се извини със специално писмо на лекарите и обясни изявлението си като "неволна грешка на езика".