Цонев е подсъдим за това, че като министър на отбраната, упражняващ правата на едноличен собственик на дружеството "Терем", се е разпоредил със средства не по предназначение.
Според прокуратурата нарушението е, че Цонев е увеличил капитала на "Терем" с 38 246 184 лева.

По този начин при разпределение на печалбата за 2008 г. е позволил постъпилите в дружеството финансови средства да останат в "Терем", вместо да се изплатят като дивидент за държавата.

Предходната съдебна инстанция - Софийският градски съд, също призна за невинен бившия министър.

Миналия ноември Военноапелативният съд потвърди оправдателната присъда на Цонев за длъжностни престъпления отпреди десет години, когато е бил шеф на Дирекция "Управление на доставките" в Министерство на отбраната. Ексминистърът е обвинен за договори за разнообразни доставки - консерви "Русенско варено", свинско месо, резервни части за камиони и автобуси "Чавдар", двигатели за "Шкода" и авиотехника.

Първата оправдателна присъда на Цонев бе по обвинение, че през 2009 г., като министър е нарушил служебните си задължения като е разрешил на тогавашния началник на Генщаба Златан Стойков да бъде купена производствена линия за метални конструкции въпреки липсата на осигурени пари. Щетата за Министерството на отбраната е била около 8 млн. лв.

Бившият военен министър в момента е подсъдим по дело за подкуп. Той, съдия Петър Сантиров и финансистът Тенчо Попов са обвинени в даване на подкуп от 20 000 лв. на следователя Петьо Петров.