Найденов напуска изцяло съдебната система, обяви самият той пред "Правен свят" и Mediapool, но лаконично коментира само, че причините за това са лични.

По-късно от прокуратурата потвърдиха, че той е подал заявление за напускане и допълниха, че е внесено предложение на главния прокурор за поощряване на Найденов с най-високото отличие - личен почетен знак I степен - златен. 

По информация на "Капитал" обаче от около половин година той бил в изолация. Както е известно, Найденов беше сред най-приближените на бившия главен прокурор Борис Велчев и неофициално се твърди, че не е в добри отношения с настоящия първи обвинител Сотир Цацаров.

По закон шефът на Следствието е със статут на зам.-главен прокурор. Найденов бе избран за втори мандат през ноември 2012 г., като за два месеца той изпълняваше и функциите на главен прокурор, преди Цацаров да заеме поста.

Преди известно време от Върховната касационна прокуратурата са започнали ревизия в НСлС, като резултатите от нея все още не са известни. 

Бойко Найденов имаше важна роля за недопускането на Венета Марковска за конституционен съдия. В деня, в който тя трябваше да положи клетва, той съобщи на президента, че в прокуратурата е образувано досъдебно производство за нейни действия като съдия. Именно с този мотив Росен Плевнелиев напусна клетвената церемония.

Кариерата на Найденов

През 1991 година Бойко Найденов започва работа като военен следовател към Софийската военно-окръжна прокуратура. От 1992 г. е военен прокурор, като преминава през всички стъпала на йерархията.

От юли 2005 година до 26 април 2006 година той оглавяваше Софийската градска прокуратура. След това стана прокурор във Върховната касационна прокуратура и говорител на Борис Велчев.
До 2007 година оглавяваше и Специализирания отдел за противодействие на корупцията и организираната престъпност към ВКП.

През ноември 2007 година ВСС го избра за директор на НСЛС.