След разследване, което продължи близо година и половина, срещу Илиева са повдигнати обвинения. Тя е обвинена и за това, че е представила пред министерството на образованието още четири фалшиви документа, свързани с образованието, за които обаче няма данни кой ги е съставил.

До 8 години затвор чакат Илиева, ако бъде доказана вината й, предаде БНР. От прокуратурата обясниха, че случаят все още е при разследващия полицай и не могат да отговорят на въпроса какви обяснения е дала Илиева.

На бившата шефка на фонда е наложена мярка за неотклонение "подписка".

В края на февруари от държавното обвинение информираха, че категорично е установено, че документът е фалшив. Това потвърдили официално от Висшия институт по техника и икономика в Берлин, който Илиева твърдеше, че е завършила. Оказа се, че макар и записана да учи там, тя никога не е посещавала лекции и упражнения и не е вземала изпити.
Тогава от прокуратурата уточниха, че ще проверяват дали фалшивата диплома е изцяло неистинска или в нея има невярно съдържание. За целта са използвани изпратените от Германия образци на документи и печати.

Разследването е показано, че тя сама си е написала оценките в дипломата, подправила е два подписа и печата на немското висше учебно заведение.

До съмнения за истинността на документа се стигна след като политици повдигнаха въпроса, че тя няма нужното образование за заеманата длъжност.

Илиева обаче беше уволнена, след като се разбра, че до последно е крила бременността си, представяйки болнични листове за тумор. Прекият й началник - министърът на земеделието Мирослав Найденов, научи новината за бременността й от БНР.
През октомври 2010 г. Управителният съвет на ДФ "Земеделие" освободи от длъжност Калина Илиева.