Академията изрази загриженост от факта, че енциклопедията е предизвикала ожесточени и противоречиви реакции и неволно е станала повод за ново междуетническо напрежение в Македония.
Ръководството на академията се разграничи от евентуалните непреднамерени неточности, които се съдържат в текстовете, и увери македонската и международната общественост, че ще ги коригира, без при това да върши ревизия на историческите факти и без да засяга колективните емоции на общоностите, които влизат в състава на днешна Македония.
Председателството на академията изказа и съжаление за неподходящите формулировки, употребени непреднамерено в някои авторски текстове, които предизвикаха резервирани реакции на посолствата на Великобритания и САЩ (и на България - бел.ред.). Ръководството на академията заяви, че при коригирането на оспорваните текстове на енциклопедията и особено на текстовете, засягащи албанците, ще се работи в сътрудничество с научни работници от редовете на албанската и другите малцинствени общности.
Македонският президент Георге Иванов приветства решението на академията да изтегли от продажба енциклопедията. В неговото официално изявление по този повод се казва: “В едно демократично и либерално общество всеки трябва да поеме отговорност за собствените си постъпки - политиците в политиката, а учените в науката, но и едните, и другите трябва да отговарят пред обществото. Науката трябва да се основава на факти, да бъде безпристрастна и да не навлиза в споровете на актуалната политика.“