Срещу Илиева са повдигнати обвинения, че сама е фалшифицирала дипломата си за висше образование от Германия, както и че е представила пред Министерството на образованието още четири фалшиви документа, свързани с образованието, за които обаче няма данни кой ги е съставил.

Ако прокуратурата успее да докаже обвиненията, Калина Илиева може да бъде осъдена на 8 години затвор.

През октомври 2010 г. Управителният съвет на ДФ "Земеделие" освободи от длъжност Илиева. Тя беше уволнена, след като се разбра, че до последно е крила бременността си, представяйки болнични листове за тумор. Прекият й началник - министърът на земеделието Мирослав Найденов, научи новината за бременността й от БНР.
До съмненията за истинността на дипломата й от Висшия институт по техника и икономика в Берлин се стигна, след като политици повдигнаха въпроса, че тя няма нужното образование за заеманата длъжност.