Срещу Илиева са повдигнати обвинения, че сама е фалшифицирала дипломата си за висше образование от Германия, както и че е представила пред Министерството на образованието още четири фалшиви документа, свързани с образованието, за които обаче няма данни кой ги е съставил.

В обвинителния акт се твърди, че в периода от 30 септември до 28 ноември 2007 г. Калина Илиева е съставила неистински документ – диплома за висшист на нейно име. Обвинението сочи, че Илиева е фалшифицирала лично подписите на двама немски професори върху свидетелство за завършено висше образование, издадено на 4 октомври 2007 г. в гр. Берлин, от Професионално висше училище по техника и икономика, за придобита квалификационна степен "Магистър", по специалност "Икономическа комуникация".

Илиева е обвинена и за това, че на 28 ноември 2007 г. , когато е подала документи, за да започне работа в Министерство на образованието и науката (МОН), съзнателно е използва 4 фалшиви документа като доказателство, че е завършила висше образование, с което е подвела министъра на образованието.

Ако прокуратурата успее да докаже обвиненията, Калина Илиева може да бъде осъдена на 8 години затвор.

Делото съдържа 7 тома с документи, събрани от СРП, предаде БГНЕС. Съдът ще изслуша 4-ма свидетели и 3-ма вещи лица. Мярката за неотклонение на Калина Илиева е "подписка", взета на 4 април 2012 г.

До съмнения за истинността на дипломата на Илиева се стигна, след като политици повдигнаха въпроса, че тя няма нужното образование за заеманата длъжност.
Илиева обаче беше уволнена, след като се разбра, че до последно е крила бременността си, представяйки болнични листове за тумор. Прекият й началник - министърът на земеделието Мирослав Найденов, научи новината за бременността й от БНР.
През октомври 2010 г. Управителният съвет на ДФ "Земеделие" освободи от длъжност Калина Илиева.