Разследването за смъртта на Чакъра беше възобновено, след като съдът в Страсбург осъди България за смъртта му. 

През декември 2003 г.
Чакъра бе обстрелван с гранатомет в къщата му в Харманли, а после следствието прие, че се е взривил с ръчна граната. Акцията бе проведена по заповед на Бойко Борисов, който тогава беше главен секретар на МВР.

В средата на ноември т.г. екип от военни прокурори, военни следователи, съдебни медици и други експерти извърши ексхумация на тялото на Тодор Димов, погребан в гробищния парк на община Харманли.

Според началната експертиза, цитирана от в. "Преса", граната е имало, но тя е взривена в задната лява част на тялото на Чакъра. Шрапнели от нея са открити в лявата бедрена кост с вход отзад. Тодор Димов обаче е бил десняк и е невероятно човек да използва подобна поза, за да се самоубие. 

За да се заличат следите пък тялото е било запалено. Експертите стигнали до този извод, тъй като трупът на Чакъра е бил силно обгорял, а в помещението, където е бил той, е имало мебели от изкуствена кожа, които би трябвало да са унищожени от огъня, но не са.

Главният прокурор Сотир Цацаров потвърдил, че разследването върви активно, но категорично отказал коментар докато то не приключи. Изявление по случая е отказал и заместникът му Борислав Сарафов.