Той е обвинен в девет престъпления - пет по служба, две за безстопанственост и две за сключване на неизгодни сделки. Според обвинението е нанесъл щети на държавата за 121 млн. лева, докато е оглавявал резерва от септември 2005 до юни 2006, съобщиха от прокуратурата, цитирани от БТА. Освен Димитров, обвинени са главният счетоводител Красимирка Борисова и контрольорът Христо Горанов. Събрани са 91 тома материали, като само обвинителният акт е от 200 страници. На 23 юни 2006 г. Димитров бе освободен след проверка на Главния инспекторат на Министерския съвет. Мотивите за освобождаването бяха «нарушения на бюджетната дисциплина». Димитров сключил договори, неколкократно надвишаващи бюджетните приходи на агенцията. Сделките са от 25 декември 2005 г. до март 2006 г. В бюджета за 2006 г. за резерв са предвидени 42 млн. лв. Проверката сочи, че при приходи на резерва около 34 млн. и разходи - 45 млн., са сключени договори, ангажиращи държавата със 121 млн. лв. Сигнал по случая е изпратен във Върховната касационна прокуратура. На 28 декември 2006 прокуратурата повдигна обвинение на Димитров, че през август-декември 2005 г. е нарушил служебните си задължения с цел да набави имотна облага за трето лице. От това настъпили "значителни вреди в размер на 1 523 890 лв., и случаят е особено тежък". За посоченото престъпление законът предвижда "лишаване от свобода" от 3 до 10 г. На Димитров е наложена мярка за неотклонение парична гаранция 10 000 лв. Димитров бе шеф на резерва от 28 април 2005 г. до 22 юни 2006 г. На 31 май тази година главният прокурор Борис Велчев заяви, че Върховната касационна прокуратура ще образува проверка по повод твърдението на Димитров, че зам.-главният прокурор Христо Манчев е вземал подкупи. Димитров се прочу с това, че обяви схема за покупка на министри.