Сигналът срещу Боянова е от 4 ноември 2011 г. и е подаден от Маргаритка Астраджиева, която е била зам.-председател на комисията за оценка на стратегиите на местно развитие, става ясно от документ, който информационната агенция разпространи. Копие от него е изпратено и на директора на ОЛАФ Джовани Кеслер.

В сигнала се твърди, че ръководството на аграрното ведомство е допуснало нарушения при одобрение на Местни инициативни групи (МИГ) по мерки на Програмата за развитие на селските райони (ПРСР). МИГ се учредяват на принципа на публично-частното партньорство, като участието на местната община е задължително. Боянова и нейният екип  правили опити за намеса в работата на комисията. Тя искала и информация за оценката и взетите решения.

През юни 2011 г. председателката на комисията е била повикана в кабинета й, "където е поискано да докладва за напредъка на работата на комисията и е била питана за конкретни заявления-дали са одобрени и дали ще получат финансиране". Отговорът е бил отрицателен и два дни по-късно със заповед на Мирослав Найденов съставът на комисията е сменен – отстранени са председателят, заместникът му и някои от нейните членове.
С нова заповед на министъра, но подписана от Боянова, е наредено да се направи повторна техническа оценка на представените стратегии и ново класиране. Маргаритка Астраджиева смята, че тази повторна оценка цели "манипулиране на резултатите от оценката".

Проверката срещу Боянова е възложена от премиера Бойко Борисов.
Инспекторатът на Министерския съвет обаче не е открил нарушения при класирането на стратегиите на Местните инициативни групи, съобщиха по-късно днес от МЗХ. В изготвения доклад са направени препоръки, които са изцяло от административен характер. От своя страна, МЗХ е предприело действия за изпълнението им – спешни мерки за преодоляване на изоставането по ос 4 на ПРСР, актуализиране на нормативната уредба, обявяване на конкурс за директор на дирекция РСР и осигуряване на стабилитет на служителите.

Първата комисия за оценка на стратегиите е допуснала сериозен пропуск в работата си, като не е посочила задължителните мотиви към крайното класиране. По тази причина зам.-министър Боянова, в качеството си на ръководител на ПРСР, е назначила нова комисия, тъй като липсата на такива мотиви поставя под съмнение обективността при определянето на индивидуалните оценки, а също така не дава възможност за изготвянето на мотивиран доклад до министъра за одобрение или отхвърляне на всеки от кандидатите.

Освен това, в първата комисия са установени и редица административни пропуски и неокомплектоване на документите, на база на които се извършва финалната оценка и класиране на МИГ.
Зам.-министър Боянова е предприела действия за защита финансовите интереси на ЕС, спазването на принципа за добро финансово и целесъобразно управление на средствата, съгласно които всеки разход по ПРСР трябва да е обоснован. Промените в комисиите са направени с цел ускоряване на работата по избор на стратегии, тъй като преди това от 2008 г. не са усвоявани средства по ЛИДЕР, заявяват още от МЗХ.

Вестник "Сега" обаче пише, че при второто класиране сложената първоначално на 31-во място местна инициативна група "Етрополски Балкан" се издига до 6-о място. Проверка на вестника показала неоспорима връзка на МИГ "Етрополски Балкан" с депутата от ГЕРБ Емил Димитров. Като лице за връзка с инициативната група на сайта на програмата за развитие на селските райони е посочен братът на депутата - Станко Димитров. Освен това в групата влизат свързани с Димитров фирми и сдружения.
Емил Димитров беше намесен и в скандала с дюните край Несебър. Прекласирането на Етрополе ще вкара в общината и включените в групата населени места общо 3.8 млн. лв.

"Това е ясно нарушение на всички правила и процедури, което може да доведе до отнемане на акредитацията на Разплащателната агенция и спиране на ПРСР", коментира случая с Боянова депутатът от БСП Димчо Михалевски, цитиран от БГНЕС.
"Има разписани правила, намесата на ръководител в оценителен процес е абсолютно недопустимо. Това е политическо вмешателство и натиск в прозрачността, конкурентоспособността", добави той.

Димо Гяуров от Синята коалиция, който е член на Комисия за борба с корупцията и конфликт на интереси и парламентарна етика, пък коментира, че Светлана Боянова е била вече техен "клиент".
"И тогава имаше достатъчно сериозни данни за нарушения в нейната работа в рамките на министерството, които обаче ГЕРБ замаза", каза Гяуров, но не уточни за какво става дума.
Той не приема обяснението на Боянова, че едва ли не е действала механично, подписвайки сделката за дюните, а други трябвало да извършат проверка на фактите.