През май 2012 г. спецпрокуратурата повдигна две обвинения срещу Ганчев - за ръководител на организирана престъпна група и за заканата за убийство на тогавашния шеф на НАП Красимир Стефанов. Тогава бизнесменът бе пуснат на свобода срещу 300 000 лева гаранция.

Обвинителният акт от 200 страници засяга дейността на групата от десет души от 1 януари 2012 г. до 15 май 2012 г., уточняват днес от прокуратурата и добавят, че в хода на разследването част от материалите по делото са отделени в ново досъдебно производство, работата по което продължава.

На Ганчев са повдигнати три обвинения, като първото е, че е ръководител на групата.
Второто обвинение е, че като подбудител склонил Данаил Ганчев, Емилия Станоева и Милко Димитров да избегнат установяване и плащане на данъчни задължения по ЗДДС на „Литекс Комерс“ АД от 711 580,56 лв., като не издадат фактури и скрият данни в подадени пред НАП София справки-декларации.

Третото обвинение срещу Ганчев е за заканата за убийство над Стефанов.

На Данаил Ганчев, Милко Димитров, Емилия Станоева (изпълнителни директори на „Литекс Комерс), Камелия Мирчева (бивш изпълнителен директор на „Литекс Комерс“ АД, член на надзорния съвет на акционерното дружество), Милко Талев, Ивайло Талев, Ичко Лозев и Красимира Гроцева, са повдигнати обвинения за участие в престъпна група и за данъчни престъпления.
За участие в престъпна група е повдигнато обвинение и на Тодор Симеонов.

Според обвинението в престъпната схема за извършване на данъчни престъпления Ганчев е действал като подбудител, Данаил Ганчев, Емилия Станоева и Милко Димитров (директори на „Литекс Комерс“ АД) – като извършители, а останалите от групата, сред които и трима бизнесмени - като помагачи.