През 1974 г. в качеството си на специалист по руските проблеми той е работил в Съвета за национална сигурност към президента на САЩ в администрацията на Джералд Форд, след което е започнал работа в ЦРУ, където се е издигнал до негов директор. По време на слушанията за назначението му на поста директор на ЦРУ през 1991 г. един от бившите анализатори на разузнаването Каролин Ейкдал го обвини във фалшифициране на разузнавателни данни, за да подкрепи увереността на републиканската администрация на Роналд Рейгън, че агенти на съветските тайни служби са отговорни за покушението срещу папата и финансирането на терористични групи в чужбина. Ейкдал заяви тогава, че анализът не е потвърдил подобни предположения, но нейният доклад е бил “редактиран” по заповед на Гейтс, за да докаже “съветската подкрепа за тероризма”. Водещи сенатори демократи заявиха, че възнамеряват “много внимателно да разгледат” предложената от Джордж Буш кандидатура на бившия директор на ЦРУ Робърт Гейтс за министър на отбраната на САЩ. Гейтс не може да заеме новата длъжност, докато не бъде първо утвърден от сенатския Комитет по отбраната, а след това и на заседание на Сената в пълния му състав - а той е контролиран от демократите.