През 2010 г. Станишев беше обвинен за това, че в периода 04.11. 2005 г. - 27.07.2009 г., докато беше премиер, е загубил седем документа с класифицирана информация - три от ДАНС, два от МВР, един от военния министър и един от НАТО. 

Според обвинението той се е лишил от документите по невнимание, чрез неупражняване на грижи за съхранението, предаването и движението им.

След няколко неуспешни опита на прокуратурата да даде на съд Сергей Станишев, процесът вече е насрочен за 18 март, предаде БТА.

По закон, ако бъде установена вина, той може да бъде само глобен от 1000 до 5000 лева.

Няколко години подред прокуратурата внасяше в съда обвинението срещу бившия премиер, но съдът намираше недостатъци и го връщаше за отстраняване на нарушения.