Той е обвинен за това, че на неустановена дата през месец август 2012 г., с цел да набави за себе си имотна облага в размер на 8000 евро, заблудил собственик на транспортна фирма, че служители на Министерството на транспорта ще му уредят да получи допълнително четири броя ЕКМТ/СЕМТ разрешителни. Те осигуряват облекчен режим на международен товарен транспорт.

В хода на разследването е установено, че към 2012 г. Попов нямал никакво служебно или лично отношение към работната група във ведомството, която била оторизирана да разпределя ЕКМТ/СЕМТ разрешения.

Въпреки това той създал невярното впечатление у управител на фирмата, че може да повлияе върху решението на този колективен орган, като предаде различни суми на някой от членовете му, назовани поименно от Попов. В действителност това било обективно невъзможно, тъй като сочените от него лица изобщо не били част от тази работна група.

Зам.-министърът е на свобода с мярка за неотклонение „подписка“. Ако бъде
признат за виновен, той може да получи наказание лишаване от 1 до 6 години лишаване от свобода.