Отхвърлен е, например, проект, свързан с болестта паркинсон, докато от фонда отпуснали пари на фирма с таксиметрова дейност по проект за превенция на насилието. Това са само част от 60-те нарушения, записани в доклада на Министерски съвет.

Едни от най-фрапиращите нарушения са свързани с факта, че трима чиновници, без необходимия професионален ценз, са спрели 57% от научните проекти уж заради административни нарушения и тези проекти не са стигнали изобщо до разглеждане по същество.
Милена Стефанова - бивша гардеробиерка в театър "София", Десислава Банкова - бивша секретарка в партия "Новото време", и Радослав Христов - само със средно специално образование, са чиновниците, които са спрели 628 проекта от общо 1094 още в самото начало уж заради административни грешки. И тримата експерти от административната комисия на Фонда нямат изисквания минимум от три години професионален опит.

"Хора без ценз, без подготовка са взимали решения върху научни поректи, върху съдбата на една иновация. Това са чиновнички във фонда, които управителят назначаваше без да ни информира. Това е една манипулация, те дори не са ги отваряли", коментира професор Мирослава Кортенска, която бе уволнена след като направи такива разкрития.

Рецензентите сами можели да си изберат втория рецензент. Така можел да се подбере съмишленик един проект да се отхвърли или не. Например вече бившият директоръ на фонда Рангел Гюров назначил за председател на комисия акад. Ячко Иванов - рецензент на доктората, с който е станал доктор на науките на Библиотекарския университет.

Установени са още конфликт на интереси, регистрация за участие на фирми в последния момент или фирми, които нямат нищо общо с научния проект, който са предложили. Цели 11 фирми изобщо не са вписали науката като своя дейност, когато започва сесията, други са регистрирани буквално в последния момент.
"Фирма, регистрирана в 10:30 сутринта, подава документи в 15,30 и печели финансова държавна помощ в размер на 480 хиляди лева. Наименованието на проекта беше "Изследване на Млечния път и зодиакалната светлина".
Фирма, която има история 5 или 6 часа, преди подаване на конкурсната документация, с невъоръжено око се вижда, че явно няма опит при изследване на зодиакалната светлина и млечния път. Говорим за сериозни пари, тъй като знаете - фонд "Научни изследвания" е с изключително ограничен бюджет", разкри председателят на Комисията по образование в МС Огнян Стоичков ("Атака").

Депутати от ГЕРБ обаче защитиха бившия вече просветен министър Сергей Игнатов, който бе принуден да подаде оставка, с аргумента, че не той е трябвало да контролира фонда, а инспекторатът на МС.
"За мен Игнатов няма никакво отношение с дейността на фонда. Знаете, че има председател, управител, има комисии, които чисто административно вземат своите решения и ги докладват в министерството на образованието", коментира Румен Стоилов от управляващата партия.

Учените, които започнаха протестите, обаче заявиха, че не искат повече проверки, а тази е показала повече от достатъчно. От новия министър искат сесията да бъде прекратена, парите, взети неправомерно, да бъдат върнати, а не всичко да свърши само с министерска оставка.

Правителството вече гласува доверие на досегашния преседател на БАН акад. Стефан Воденичаров, който бе избран за нов министър. За няколкото месеца до изборите той трябва да справи с проблемите в научния фонд, надява се премиерът Бойко Борисов.