Според премиера Никола Груевски "този труд представя македонската визия за националното политическо и културно минало и съвременност и дава обективна и цялостна информация за нас и нашата страна". В нея се съдържа статия под надслов: "Асимилация на македонците в географските рамки на Македония", в която пише: "в България процесът на асимилация напредва по-бързо... И днес продължава натискът на българските власти върху македонците да се отрекат от правото на идентичност и да формират собствена политическа партия".
"Недопустимо е в една държава, която иска да стане член на НАТО и Европейския съюз, да се използува отживяла за времето си лексика и идеологеми от епохата на Студената война”, се казва в изявлението на българското посолство.
"Такъв подход е в разрез с възприетия в тези организации тон и не допринася за утвърждаване на добросъседските отношения и елиминиране на “говора на омразата” - едни от основните изисквания към Република Македония по пътя на нейната евроатлантическа интеграция", пише още в съобщението.
В него се изтъква, че България нееднократно е демонстрирала искрения си стремеж за по-нататъшно сближаване и развитие на отношенията с Македония, включително и в научната област. Многократно е подчертавано, съвместният и обективен прочит на общата за двете държави история е напълно възможен при строго научен анализ на историческите факти и обстоятелства, изтъква нашата дипломатическа мисия.
"За съжаление, текстовете, отнасящи се до България в споменатата енциклопедия, очевидно не са плод на такъв анализ", се подчертава в становището на българското посолство в Скопие.
Според него това е едно издание, което претендира да е научно, "но за пореден път е подчинено и преследва конюнктурни политико-пропагандни цели”.
"Сега се смея на македонските исторически четива. Преди ме налягаше скука, дори лека депресия, но сега вече се смея", коментира пък министър Божидар Димитров пред БНТ. По думите му - не може да се очаква някаква по-сериозна реакция по този въпрос, тъй като това са „глупости и измишльотини".
„Ние, българските учени, отдавна сме престанали за четем и да се занимаваме с измишльотините на македонската академия на науките. Не е професионално да се занимаваме с това", посочи министърът, който отговаря за българите в чужбина.
Междувременно срещу македонската енциклопедия възропта и Албания. "Недоразуменията", възникнали около Македонската енциклопедия щели да бъдат преодоляни, това констатирали при срещата си в ООН македонският президент Георге Иванов и албанският премиер Сали Бериша, предаде още БНР.
Под силен вътрешен и международен натиск, на закрито заседание Македонската академия на науките (МАНУ) реши да внесе корекции в скандалните текстове, засягащи албанците, но отказва да оттегли вече издадените екземпляри. Албанците обаче остават обединени и категорични в искането си изданието да бъде оттеглено. Тримата албански академици – членове на МАНУ, заплашиха с оставки и затова предстои специално заседание. Лидерът на управляващия Демократичен съюз за интеграция Али Ахмети, който лично е дискредитиран в изданието, окачестви Македонската енциклопедия като "политически памфлет". Очаква се той да се срещне с премиера Груевски.
С остро писмо британското посолство поиска премахването на текст, в който без доказателства се твърди, че американски и английски специалисти обучавали албанските терористи по време на вътрешния конфликт.
След Тирана, остро реагира и официална Прищина. Председателят на косовския парламент Якуб Красничи, който е доктор на историческите науки, заяви: "Македония е страна, която няма своя национална идентичност и се опитва да изкриви фактите. Македонците все още не успяват да създадат свой национален идентитет, те не знаят дали са македонци, създадени с декрет на Тито, дали са македонци, които се позовават на потекло от българския цар Самуил или от Александър".