Стоян Стоянов беше отвлечен пред дома си в Бургас през март 2008 г. За отвличането и убийството на Стоянов е работила организирана престъпна група от четирима души, като поръчители са били други двама - бивш съдия и бивш шеф на Агенцията за държавни вземания, каза министър Цветанов, предаде БТА. Имотът, довел до убийството, се намира на главен път, близо до село Две могили, Бургаско. Той е бил на двамата поръчители - бившия съдия от Варна Галин Костов и бившия шеф на Агенцията за държавни вземания в Бургас Станислав Михайлов", обясни вътрешният министър. До този парцел се намирал и имот на убития бизнесмен.  След като първоначално Стоян Стоянов е проявил интерес да купи спорния имот, впоследствие се отказал заради високата цена. Двамата поръчват убийството на бизнесмена като отмъщение.
В петък е арестуван Галин Костов - бивш съдия от Окръжния съд във Варна, впоследствие адвокат, а сега частен съдебен изпълнител. В момента Костов се намира в ареста в Бургас.
Другият поръчител Станислав Михайлов ще бъде обявен за международно издирване, тъй като не е в страната. От 2002 г. до 2006 г. той е бил изпълнителен директор на Агенцията за държавни вземания, каза още Цветан Цветанов.
Преките организатори на отвличането са Нено Атанасов от Варна и Стоян Колев, които бяха задържани по случая още лятото.
Първоначално сценарият е бил Стоян Стоянов да бъде убит пред дома му в Бургас. Първата група обаче, която е наета да се справи с поръчката, не осъществява плана и затова се прибягва до втора група. Променен е  сценарият и още същата нощ Стоянов е отвлечен и е закаран в Обзор, където е имал разговор с поръчителите на убийството за въпросния недвижим имот. След като първоначално Стоян Стоянов е проявил интерес да купи имота, впоследствие се отказал заради високата цена. Костов и Михайлов започнали "да натискат Стоянов да купи имота". Той обаче отказал и затова се стигнало до ликвидирането му.
След срещата в Обзор, връщайки отвлечения вече Стоянов към Бургас, той е убит в гориста местност край Дюлинския проход, където е и заровен.
Теренът, заради който се стига до убийството, се намира между Две могили и Бургас, уточни Цветан Цветанов. Когато са изровени тленните останки на Стоян Стоянов, първоначалният оглед сочи, че в челото му има входяща рана от куршум, а от другата страна на главата - изходяща.
Според доказателствата до момента Галин Костов и Станислав Михайлов са наели Стоян Колев и Нено Атанасов, които да организират отвличането и убийството. От своя страна организаторите прибягват за изпълнението до "услугите" на Манол Хаджиев и лице, което засега е известно на полицията само под името Веско.
През август 2008 г. физическият убиец на Стоян Стоянов - Манол, беше намерен убит във Варна. Манол и Веско е трябвало да получат по 30 000 евро за убийството на Стоянов, но тъй като плащането забавило, Манол започва да си търси обещаните пари.
Заради притесненията на по-висшестоящите да не изтече информация е дадено нареждане Манол да бъде убит. Полицията все още издирва Веско, тъй като не знае точно какви са неговите имена.
Свидетелски показания са помогнали на полицията да открие тялото на Стоян Стоянов, заровено в гористата местност.

Вижте видео от пресконференцията с министър Цветанов