Станиш Бонев е роден на 15 ноември 1931 година в село Пенкьовци, Трънско.

От 1945 година е член на Работническия младежки съюз, а от 1954 – и на БКП.

През 1956 година завършва Висшия икономически институт „Карл Маркс“ в София, след което работи в околийския, окръжния и градския комитет на БКП в Перник.

През 1964 година Станиш Бонев е прехвърлян в администрацията на Министерския съвет, а от 1971 година е член на Централната контролно-ревизионна комисия при ЦК на БКП.

През 1977 година става завеждащ на отдел „Планово-икономически“ при ЦК на БКП. За известно време е част от личния кабинет на Тодор Живков.

През 1981 година Бонев става член на ЦК на БКП и заместник-председател на Министерския съвет, а през следващата година оглавява Държавния комитет за планиране.

През 1984 година става кандидат-член на Политбюро на ЦК на БКП. През 1985 година е освободен от правителството, а на следващата година и от Политбюро.

През 1986 година Станиш Бонев става ректор на Академията за обществени науки и социално управление, до 1989 година остава член на ЦК на БКП.

През 1991 г. излиза в пенсия и започва да публикува мемоари.