Около 19 часа във фаталната събота, 9 януари 2007 г., Янко Янков казва на съпругата си, че отива да нахрани кокошките. След като един час не се връща, жена му излиза в двора и го открива облян в кръв. Никой не е чул или видял нищо. 

След първоначалните огледи, събраната информация е оскъдна. Кметът на Елин Пелин е прострелян седем пъти - в гърдите, гърба, кръста и в едното бедро. Килърите са били двама и са избягали с "Опел Корса".

Според криминалистите, стрелбата е била хаотична и говореща за агресия и афект, а стрелецът е бил аматьор. Той бил стрелял с 9-милиметров "Макаров" от близко разстояние, напосоки и без да се прицелва достатъчно. Свидетели на убийството няма.

Версиите

От МВР и прокуратурата оповестяват, че се разследват шест възможни версии за разстрела на кмета. От лични мотиви до засегнати бизнес интереси

Близките на Янко Янков твърдят, че той е получавал заплахи месеци преди да бъде застрелян. Заплахите са били свързани с изграждането на индустриална зона в Елин Пелин. Приятели на кмета твърдят, че натискът върху него е бил огромен, а разследващите започват да преглеждат сделките, сключени от Янков. Сред тях има спорни решения за продажба на големи парцели земеделски земи и гори. 

Същевременно най-големият публичен конфликт на Янко Янков е по повод опита да се намери място за балите със софийски отпадъци в мина "Чукурово", собственост на Христо Ковачки. Идеята обаче пропада заради съпротива на местното население, която довежда и до сблъсък между гардове на Ковачки и жители на близкото село Габра.

Не на последно място изскача и версията за разстрел, свързан с газоснабдяването на Елин Пелин. По инициатива на кмета в градчето е изградена газоразпределителна мрежа, като е създадено общинско дружество, което да доставя газ. От ДКЕВР обаче отказват лиценз. Общинският съвет на Елин Пелин пък отказва на "Овергаз" да купи мажоритарния дял в общинското газово дружество и вместо това продава 34 процента от фирмата на Александър Тасев-Остапа. Той обаче също е застигнат от куршумите - на 14 май 2007 г. 

Разследващите пък не успяват да намерят доказателства за нито една от версиите за убийството.

Политическите реакции

Разстрелът на Янко Янков е първото убийство на действащ кмет на по-голяма българска община и предизвиква буря от политически реакции. Един от първите, които реагира е Александър Томов, тъй като кметът е издигнат от неговата партия “Българска социалдемокрация“. 

"Това, което се случи с кмета на Елин Пелин е животинско. Това е битка между гадовете и мръсниците и тези, които съсипват България", заявява Томов и допълва, че това е поредното посегателство върху българската държавност.

Според него мотивите за убийството на кмета не са политически, а са рекет и натиск върху българските държавни представители за икономически изгоди. 

Така или иначе до днес убийците и поръчителите на разстрела на Янко Янков остават неизвестни. Разследването вече е студено досие.