Цонев е обвинен за това, че през втората половина на 1999 г., в качеството му на началник на управление "Снабдяване и търговия" и дирекция "Управление на доставките" в Министерството на отбраната, е превишавал правата си и многократно е нарушавал Закона за общинските и държавните поръчки,   министерски заповеди и други подзаконови актове, съобщиха от прокуратурата, цитирани от БТА.

По този начин са били сключени 4 договора за доставки на авиационно-техническо имущество и авто-техническо имущество с фирмите ЕТ "Транскомерс Импекс - Стефан Въргов" - Плевен, ЕТ "Коко Д - Димитър Пачеджиев" - София, "Мелбърн Интернешенъл ООД" - САЩ, и "Метропол М ООД" - София, от което на МО са нанесени щети в размер на 970 653,59 лв.

Престъплението е особено тежък случай и е извършено от Цонев с цел да набави имотна облага за цитираните фирми. Наказателният кодекс предвижда наказание от 3 до 10 години затвор и лишаване от право да се заема определена държавна или обществена длъжност. 

Междувременно днес Софийски градски съд гледа друго дело срещу Цонев, по което той е подсъдим за това, че в периода 12 февруари - 1 юни 2009 г., като министър, е нарушил служебните си задължения като е постановил положителна резолюция върху докладна записка на началника на Генералния щаб на армията ген. Златан Стойков. Така Цонев е позволил купуването на производствена линия за метални конструкции въпреки липсата на осигурени финансови средства за доставка на тази машина. Щетата за МО е около 8 млн. лв., които представляват стойността на доставената производствена линия.

Бившият първи заместник-началник на Генералния щаб Емил Люцканов свидетелства по делото. Пред съда той зяви, че материалният план на армията е очертавал липса на средства за 2009, 2010 и 2011 г. Според него машината би могла да е ефективна, но в МО са се нуждаели от период, в който да се усвои технологията. По думите му цената за нея е била висока на фона на другите неща, които е трябвало да се направят във ведомството.
Делото ще продължи на 8 юни.

Началникът на отбраната на Българската армия ген. Симеон Симеонов и самият Златан Стойков не се явиха в съда.

Цонев бе доведен под охрана от ареста, където е с мярка за неотклонение "задържане под стража" от 1 април. Тогава той беше задържан заедно със съдията от Софийския градски съд Петър Сантиров и с бившия секретар на Министерството на финансите Тенчо Попов за това, че е предлагал подкуп на следовател от Националната следствена служба, за да попречи на водено срещу него разследвания.
Градският прокурор на София Николай Кокинов заяви, че досъдебното производство срещу бившия министър е в напреднала фаза и в рамките на следващите 3-4 седмици ще приключи - остава да се изглади обвинението.