Той бе подсъдим за това, че в периода 12 февруари - 1 юни 2009 г., като министър на отбраната, е нарушил служебните си задължения като е разрешил на тогавашния началника на Генщаба Златан Стойков да бъде закупена производствена линия за метални конструкции въпреки липсата на осигурени финансови средства. Щетата за МО е около 8 млн. лв.

Прокуратурата пък поиска 4 години и 6 месеца затвор. Държавното обвинение твърди, че престъплението е извършено от Цонев умишлено, съобщи БТА. Защитата на Цонев поиска оправдателна присъда, тъй като нямало конкретика за всяко едно от нарушенията, в които е обвинен, и не се посочва какво е направил министърът.

Пренасочвайки пари от бюджета на ВВС за купуването на тази машина, Цонев дори е намалил отбранителната способност на армията, твърди обвинението. Документи, събрани от прокуратурата, показват, че на българските представители на американския производител на мобилния завод е била изплатена комисиона от самия производител за сключената сделка в размер на 482 000 долара.

Представител за България на фирмата е съпругата на Радион Попов - Таня Попова, твърди прокуратурата. Според нея първоначално Попов е бил представител на американското дружество, но след като е избран за заместник-министър, е прехвърлил правата на жена си. Към този момент поръчаната от Цонев мобилна фабрика все още стои на пристанището във Варна, тъй като от договорената цена не са изплатени около 1 млн. долара.

Днес бяха пледоариите по делото. Последните четирима свидетели бяха разпитани вчера. Николай Цонев даде обяснения, в които посочи, че сделката е била изгодна, като купената машина позволява да се строи с 300 евро по-евтино на квадратен метър.

След произнасянето на присъдата Цонев заяви: "Бих призовал всички български граждани да продължат да вярват в българския съд, който е един от символите на държавността в държавата", съобщи "Фокус". Той допълни, че очаква оправдателна присъда по всички дела, които се водят срещу него. По думите му в тях има политическа намеса от управляващата партия, но не посочи кой би имал интерес.

От своя страна прокурорът по делото Борис Балев заяви, че ще протестира решението на Софийски градски съд в законовия срок.

Оправдателната присъда на Николай Цонев още повече ще затрудни усилията на правителството да покаже, че може да сложи край на атмосферата на безнаказаност в най-корумпираната държава членка на ЕС, коментира Ройтерс в кореспонденция от София. Според агенцията днешното решение на съда ще направи по-трудно за българското правителство да докаже на Брюксел, че може да наложи върховенство на закона и по този начин да избегне нови финансови санкции и отлагане на приемането на страната в Шенгенската безвизова зона.

Бившият военен министър е подсъдим по още едно дело - за даване на 20 000 лева подкуп на следовател. На 20 октомври Софийският градски съд не даде ход на процеса, по който заедно с Цонев обвиняеми са и съдията Петър Сантиров и екссекретарят на финансовото министерство Тенчо Попов.
Тримата бяха арестувани при специализирана полицейска акция на 1 април. Арестът му предизвика скандал заради репликите на заместник-градския прокурор на София Роман Василев, който бе заснет да го нарича "абсолютен престъпник", докато кара спецполицаи да го свалят на земята, макар да е с белезници на ръце. Заради това изказване Василев бе наказан от ВСС с порицание за срок от 1 година.

Междувременно Цонев обяви, че ще съди България в Страсбург заради унижението, което е претърпял по време на задържането.