При приемането от парламента на отчета на прокуратурата за 2009 година Велчев заяви, че е привърженик на идеята за специализиран съд за борба с организираната престъпност.
"Много ми се иска този специализиран съд да бъде натоварен с това да разглежда най-тежките дела, които се отнасят до организираните престъпни групи. Не всички дела за организирани престъпни групи, а тези, които са за престъпни групи, създадени с цел убийства, отвличания, наркотрафик, пране на пари, коментира пред депутатите главният прокурор, цитиран от БНР.

Велчев обаче предупреди, че трябва да внимаваме добрата идея за специализирания съд да не обрасне с допълнителни идеи.
"Аз не мисля, че е необходимо особена специализация, за да бъдат съдени от специален съд народни представители, министри, кметове, магистрати. И затова бих си позволил да пледирам пред НС да осмисли още веднъж законопроекта за създаване на специализирани съдилища и живот и здраве да го остави в един редуциран вид. А ако този съд създаде добра съдебна практика, покаже възможности, допълнително може да бъде натоварен и с бъдещи отговорности“, посочи още Борис Велчев.

Главният прокурор обяви, че всички искания за използването на специални разузнавателни средства (СРС) са уважени от съда, но тяхното често използване демобилизира разследването. СРС карат разследващите да забравят, че са последно средство, когато няма други начини да се събере доказателствена информация. Налага се да дисциплинираме органите, които ползват такива средства, каза Велчев и добави, че е добре те да си ги плащат.

За година един прокурор трябва да реши 290 преписки, 175 досъдебни производства, да участва в 154 заседания, да прекрати по давност 117 дела, да спре други 538 поради неиздирен извършител, посочи Велчев в отчета на прокуратурата, предаде БТА. През последните три години прокурорите работят по над 400 хиляди преписки годишно.
Делът на решените спрямо общо наблюдаваните преписки през 2009 г. е 92 процента. По 96,5 на сто от внесените прокурорски актове на първа инстанция съдът е постановил осъдителни и санкционни решения. Нараства броят на осъдените лица за "пране на пари", злоупотреби с фондовете на ЕС, трафик на хора, наркотици, данъчните престъпления. През 2009 г. за участие в организирана престъпност са осъдени 185 лица, докато през 2007 г. те са 77.