Командосите от морската пехота, участвали в атаката, се оправдаха с провал на разузнаването, предаде агенция Ройтерс, цитирана от БТА.
"Не очаквахме такава съпротива от активистите, защото ставаше дума за група с хуманитарна мисия", заяви пред военното радио командирът на екипа, извършил десанта - анонимен лейтенант от ВМС, получил специално разрешение да даде интервю.
"Изходът беше различен от очакванията ни, но  това бе най-вече заради неуместното поведение на противника", заяви още той.

Командосите превзеха шестте кораба от флотилията, след като те отказаха да променят курса си в посока ивицата Газа към израелското пристанище Ашдод. При атаката загинаха няколко турски граждани. Според израелското правителство са убити 9 чужденци. Турското правосъдно министерство съобщи, че обмисля възможността за съдебни действия срещу Израел.

От еврейската страна обаче твърдят друго.
Видеоклип, заснет от пасажер по време на щурма, показа двама командоси, нападнати с бухалки и ножове. Израелската армия също излъчи кадри, заснети с камера за нощно виждане, на които половин дузина командоси влизат в схватка с около 30 активисти.

Някои от войниците са действали с пушки за пейнтбол - несмъртоносни оръжия, предназначени да контузват, отблъскват и маркират заподозрени за последващ арест, които обаче се оказали неефикасни срещу активистите, защитени със спасителни жилетки и противогази.
"Ясно е, че екипировката за разгонване на демонстранти, с която бяха изпратени, беше недостатъчна", заяви пред журналисти началникът на генералния щаб на израелските въоръжени сили генерал-лейтенант Габи Ашкенази. Според командването някои от командосите дори предпочели да избягат, скачайки през борда.

Израел съобщи, че 7 командоси са били ранени, един от тях след като бил хвърлен от активисти през парапета, а двама от огнестрелни рани, вероятно от личните им оръжия, които са им били отнети. Някои експерти зададоха въпроса дали една полицейска част за борба с безредици не би се справила със съпротивата с по-малко кръвопролитие. Но израелски военен представител каза, че само морски пехотинци са способни да извършат акция на 120 км навътре в Средиземно море, и то през нощта - времето е нарочно избрано, за да бъдат изненадани активистите, а придружаващите ги журналисти да бъдат лишени от зрелищни кадри.

Пакистански журналист, който бе заловен по време на морската атака, обаче заяви, че израелските войници стреляли хладнокръвно по хората. Талат Хюсейн, един от 124-та души, които пристигнаха в Йордания, след като бяха освободени от израелските власти, каза, че командосите застреляли хора от упор. По думите му четирима души са били убити пред него с куршум в челото. "Видях ги как умират", твърди Хюсейн.
Израел е освободил над 400 от близо 600-те чуждестранни активисти, които пътуваха с флотилията с помощи.