В Екомузея се намира най-големият сладководен аквариум в България. Той представя рибното разнообразие на река Дунав и на вливащите се в нея реки. Общият обем на аквариума е 65 тона вода. Той е разделен на шест отделни резервоара.

В аквариума живеят 12 вида риби, сред които есетра, сом, скобар, морунаж, див шаран, червеноперка, бабушка, платика и каракуда.

Най-интересни са руската есетра и чига, които са взети от развъдници. Те са настанени в резервоар, показващ потънала римска сграда с артефакти - вижда се римска крепостна стена, амфори и мраморна глава от статуя. Други интересни видове, населяващи аквариума, са 10 бели риби, настанени в резервоар, който напомня дъното на река Дунав с множество преплетени коренища.

В Екомузея е създаден и терариум, който пресъздава блатна екосистема с водна площ и естествени растения, характерни за влажните зони.

В него живеят червенобузи костенурки, които са предоставени за отглеждане от хора, които не искат или нямат възможност да се грижат вече за тях като домашни любимци.

"Тъй като червенобузите костенурки не са типични за нашите географски ширини, за тях и за природата е по-добре да не бъдат пускани на свобода. Всеки, който има червенобуза костенурка и няма възможност да я отглежда повече, може да я остави в музея. А друг, който желае - да я осинови", обясняват от културната институция.