На 15 август 2002 година, на излизане от офиса си в плувен комплекс “Спартак”, Петров бе прострелян в гърдите и крака. По това време действащ главен секретар на МВР е Бойко Борисов.
Тогава се разбра, че бившият командос е охраняван от действащи барети, които стреляха по нападателите със служебното си оръжие. По-късно служителите на Специализирания отряд за борба с тероризма (СОБТ) бяха наградени от тогавашния министър на вътрешните работи Георги Петканов. Самите нападатели също се оказаха бивши командоси.

"Аз съм отговорен и лоялен гражданин и затова не съм оповестил версии, а съмненията ми почиват на данни", коментира днес Алексей Петров пред журналисти, предаде БТА. Той направи това изявление в Софийския апелативен съд, където прокуратурата обжалва освобождаването му от домашен арест с най-леката мярка - подписка. Днес съдиите трябва да вземат окончателно решение.
То обаче беше забавено заради липсващи доказателства, събощи „Фокус”. Оказа се, че след заседанието на Софийски градски съд миналата седмица за разглеждане на мярката на Петров, прокуратурата е провела разпит на свидетел, но протоколът от този разпит не е приложен към материалите по делото.

Петров допълни, че терористичният акт пред редакцията на в. "Галерия" е продължение на репресията срещу него с други средства. Според бившия съветник в ДАНС министър-председателят няма право да насажда една или друга теза в обществото или да фабрикува версии.

Веднага след инцидента Борисов заяви, че хора, близки до "Галерия" имат полза от взрива и намекна за РЗС, с която Петров е в тесни контакти.
"Аз категорично смятам, че с изявленията си в първите часове на взрива, Бойко Борисов се самозаподозря", каза обаче Петров.

"Това управление наистина е лъжа и неграмотност, нищо повече. През последната година действа една мощна Гьобелсова пропагандна машина. Но зная, че българският народ е мъдър и че се вижда краят на лъжата", коментира още Алексей Петров, цитиран от БГНЕС.

Междувременно той поиска извинение от Волен Сидеров заради клевета. На журналистите бяха раздадени материали по повод участие на лидера на "Атака" в телевизионно предаването през май 2010 г., когато той заяви, че Петров имал връзки с израелското посолство с цел осигуряване на проститутки. Според Петров тези изявления разгласяват позорни обстоятелства за него, които не са верни и могат да се квалифицират като пръстепления, например сводничество. Заради тези обвинения негови бизнес-партньори се отказали да сключат договор с него и така пропуснал да спечели 1 млн. лв.

Алексей Петров е написал чрез нотариус писмо до Волен Сидеров с призив да се извини публично от същата трибуна, от която го е оклеветил, и да му заплати обезщетение за нанесени вреди в размер на 1 100 000 лв., които да бъдат преведени във фонд за подпомагане на онкоболни.
Ако Сидеров не изпълни тези искания, Петров ще го съди. Още след скандала той заяви, че ще даде депутата на съд, но тогава каза, че ще му иска само 50 стотинки.

В съда днес бяха дошли няколко души, които подкрепят Алексей Петров. Те стояха пред съдебната зала с плакати с надписи: „Алексей е невинен”; „Свобода за Алексей”.