Маскирани въоръжени мъже нахлули снощи в църквата "Свети Тома" в южната част на Москва, попитали Сисоев за името му и после го застреляли с пистолет в главата. Сисоев бил прострелян на няколко места и починал на път за болницата, а помощникът му бил тежко ранен, но сега е в стабилно състояние, отбелязва Франс прес, позовавайки се на Следствения комитет към прокуратурата.
34-годишният Сисоев беше известен с работата си за привличане към православната църква на повече младежи. Следователи не изключват хипотезата убийството да е свързано с религиозната му дейност. Сисоев произхождаше от преобладаващо мюсюлманската руска република Татарстан. Той е бил заплашван многократно заради мисионерската си дейност сред мюсюлмани и християни с неправославно вероизповедание, както и за критиките си към исляма, посочва Ройтерс. Получих най-малко 10 заплахи по имейл, че ще ми отрежат главата, заяви Сисоев в телевизионно предаване през февруари 2008 г.
От създадения от свещеника мисионерски център също потвърдиха в комюнике, че той е бил заплашван от мюсюлмани. Отец Даниил бе критикуван от руски мюсюлмански организации за коментарите му за исляма. Журналистка мюсюлманка е подала жалба срещу него заради обида на исляма.
Сисоев помагаше и на хора, станали жертва на нароилите се след разпадането на Съветския съюз в Русия секти и окултни движения. Освен това критикуваше екстремистни патриотични движения и привърженици на Сталин, което му създаде много врагове, каза преподавателят в Московската духовна академия Андрей Кураев по радио "Ехото на Москва".