Проверката срещу него е по сигнали за лихварска дейност,  съобщиха от Софийската градска прокуратура. 

Тя започна на 8 септември 2016 година и обхващаше периода 2002 - 2016 година, когато Александров е директор на банка. Той обаче е проверяван като физическо лице.

През септември 2016 г. бизнесмени се оплакаха, че Стоян Александров им е дал заеми, като в договорите били заложени скрити лихви. Според тях дела срещу бившия финансов министър от кабинета на Любен Беров са били подправяни в негова полза и то само за 4 дни. Тогава те обявиха, че имат съмнения, че Александров влияе на съда.

Стоян Александров е с мярка за неотклонение парична гаранция в размер на 100 000 лева.