През 2008 година Цветкова беше задържана и обвинена в получаване на подкуп в размер на 10 000 лева, за да реши дело по определен начин. При обиск в дома на Цветкова пък бяха открити 88 500 лева, 28 900 евро, 3270 долара и около 400 грама злато. Впоследствие Висшият съдебен съвет я уволни дисциплинарно.

Градските магистрати обаче оправдаха бившата си колежка по обвинението за вземане на подкуп от 60 000 лева, но й наложиха глоба 10 000 лева. Също така съдийката е лишена от право на заемане на длъжност, а мярката й за неотклонение бе променена от парична гаранция (20 000 лв.) в подписка, предаде "Фокус".

След като чу наказанието си, Анелия Цветкова каза, че не е извършила престъпленията, в които я обвиняват и че ще обжалва присъдата, съобщи БНТ. "Съдът е решил така, не мога да коментирам решението му, то не е окончателно. Това не означава, че съм съгласна с това решение. Разбира се, че ще обжалвам", каза още тя.

Решението може да се обжалва пред Софийския апелативен съд.

През април 2009 г. Софийската градска прокуратура внася в Софийския градски съд обвинителен акт срещу Анелия Цветкова. Според прокуратурата през 2008 г. в качеството си на длъжностно лице тя е поискала подкуп от 60 000 лв. и получила половината от тях, за да реши конкретно дело в полза на една от страните. Според второ обвинение Цветкова е прибрала и още 10 хиляди лева за същата цел.

Три дни след ареста й съдийката беше освободена от следствения арест в София срещу парична гаранция. След излизането си на свобода тя подаде оставка като председател на Административен съд - Варна. Преди да оглави новосъздаденото съдилище в морската столица Цветкова е била началник на административното отделение на Окръжния съд.

Заседанията по делото бяха отлагани многократно заради неявяване в съда на варненския адвокат Георги Стефанов, който заедно с баща си - Стефан Стефанов, са основни свидетели по делото.