Цонев бе обвинен за договори, сключени през 1999 година за разнообразни доставки - консерви "Русенско варено", свинско месо, резервни части за камиони и автобуси "Чавдар", двигатели за "Шкода" и авиотехника. Прокуратурата твърдеше, че още като шеф на дирекция "Управление на доставките" с тези договори той е ощетил Министерството на отбраната с около 1 милион лева, а за сметка на това са се облагодетелствали различни фирми, предаде БТА.

Върховните съдии обаче постановяват: "безспорно е установено, че с изключение на последната процедура за двата двигателя за товарен автомобил, подготовката на останалите е започнала много преди встъпването на подсъдимия на длъжността в дирекция "Управление на доставките".

"Заявките за министерството са били подадени още в края на 1998 г. и обсъдени и обобщени от съответните родове войски, като съобразно тях са били предложени съответните разходи в бюджета на МО, като това впоследствие е намерило отражение и в предмета на провежданите процедури на държавни поръчки от МО", мотивират се още магистратите, за да обявят за невинен ексминистъра по най-старото обвинение срещу него.

През януари Софийският апелативен съд оправда Николай Цонев по другото дело срещу него за длъжностно престъпление. Според обвинението като министър на отбраната той се разпоредил със средства на дружество "Терем" не по предназначение, с което е увеличил капитала му с 38 млн. лв. По този начин при разпределение на печалбата за 2008 г. позволил постъпилите финансови средства да останат в "Терем", вместо да се изплатят като дивидент за държавата.

Най-вероятно Цонев ще бъде окончателно оправдан и по това дело, тъй като прокуратурата е отказала да поддържа обвиненията срещу него, съобщи Mediapool. В момента процесът е обявен за решаване от ВКС и се чака решение в рамките на препоръчителния едномесечен срок.

В края на 2010 г. Софийски градски съд оправда бившия министър и по обвинението, че е ощетил държавата с 8 млн. лв., като е сключил неизгодна сделка за купуването на поточна линия за строителство на хангари.

Все още дори до първа инстанция не е стигнал само най-шумният съдебен процес срещу Николай Цонев - за предлагане на подкуп на следователя Петьо Петров, по което е подсъдим заедно с бившия съдия Петър Сантиров и ексглавния секретар на финансовото министерство Тенчо Попов.

Самият Цонев заведе дело срещу държавата в Страсбург заради ареста му, при който беше принуден от прокурора Роман Василев да падне на колене, докато е окован с белезници.