Точно в 9 часа Манова тръгва за работа. Качва се в луксозния джип "Тойота Лендкруизър", водещ се на името на дъщеря й. Третата по ранг в Агенция "Митници" има и шофьор - 25-годишният Йордан Герговски, на когото плаща сама, въпреки че официалната й заплата е 714 лева. 

Неизвестният килър открива огън, когато Герговски намалява скоростта, за да премине през "легнал полицай". 45-годишната Манова издъхва на място, покосена от два куршума в главата. Шофьорът й е тежко ранен и умира по-късно в болницата. 

По-късно свидетели ще опишат убиеца като едър мъж с черна коса, но разследващите ще установят, че той е носил перука и е бил облечен с повече дрехи. Така показанията на очевидците водят до задънена улица. При огледа на място са открити само три гилзи.

Версиите за екзекуцията

Разстрелът на Шинка Манова предизвиква смут в обществото, а депутатите спешно привикват вътрешния министър Румен Петков в парламента. Основните версии на разследващите са четири. 

Първата е, че убийството има връзка с бизнеса с лекарства, тъй като дирекцията, на която Манова е шеф, следяла дали обмитените на митниците медикаменти на фирми отговарят на действителния внос или износ. Освен това имало и проверки на вносители на лекарства за незаконен внос. 

Втората версия е, че мишената на килъра е бил шофьорът на митничарката - Йордан Герговски, който година по-рано предизвикал катастрофа с две жертви в столичния кв. "Люлин". Криминалистите допускали, че е възможно близки на жертвите да имат общо с разстрела с цел отмъщение. 

Третата и най-вероятна версия за смъртта на Шинка Манова е, че е била поръчана от украински мафиоти, които вкарвали контрабандно месо от Русия, Украйна, Китай и Индия през пристанище Бургас. Като шеф на "Последващ контрол" Манова засякла далаверата, която носела печалбите в милиони евро на украинската мафия и поискала "комисионна". Това коствало живота й.

Митничарката на ВИС

Последната версия за убийството е, че митничарката е разстреляна от конкуренти на ВИС-2, за да се елиминират каналите на бившата силова групировка през границите. Неофициално Шинка Манова е наричана личната митничарка на взривения бос от ВИС-2 Димитър Димитров - Маймуняка и на Константин Димитров-Самоковеца. Именно в телефона на Самоковеца с турска GSM карта е фигурирал и номерът на Манова. Тези факти изскачат през 2000 г. в доклад на Национална служба за сигурност за корупцията в държавата. След смъртта й става ясно, че тя е била в управата на ФК "Искър", който бе притежание на боса на ВИС-2 Георги Илиев. 

Пред депутатите пък Румен Петков заявява, че убитата Шинка Манова е била наблюдавана от ГДБОП в разработката "Сателити" за връзка с Константин Димитров-Самоковеца и други високопоставени фигури от ВИС. Според Петков обаче разработката е била прекратена през 2003 г. - годината, в която Манова става директор на дирекция “Последващ контрол” на Агенция "Митници".

В крайна сметка разследването на убийството е прекратено на 12 март 2007 г. с постановление на столичното следствие, въпреки че фигурира в списъка на "20-те знакови дела", наблюдавани от Европейската комисия. Убиецът и поръчителите и до днес не са открити.